Les filtres biologiques sont utilisés pour contrôler les bactéries niveaux dans un aquarium. Contrôler les bactéries réduit également la quantité d'ammoniac et d'azote dans l'eau, garder des poissons en meilleure santé. Il est important de comprendre, cependant, que les filtres biologiques ne suppriment pas toutes les bactéries, mais au lieu d'encourager la croissance de "bien" bactéries. Les bactéries utiles décompose les déchets de sorte qu'il peut être utilisé soit par les plantes d'aquarium dans leur cycle de croissance ou retiré par les autres systèmes de filtrage. Le filtre biologique la plus courante est une éponge naturelle sur laquelle les bactéries sont encouragés à cultiver. Dans aquariums à la maison, il est habituellement placé derrière ou sous les filtres mécaniques et chimiques. Les bactéries décomposent les déchets restants comme il traverse l'éponge.