Les serpents peuvent souffrir de parasites internes tels que les ankylostomes, les ascaris, les ténias, les douves et ameobas. Les parasites internes peuvent présenter aucun symptôme et être sous-pathogène, mais dans les cas graves, des vomissements, perte de poids, léthargie et l'anorexie sont les symptômes les plus courants. Plus fréquent chez les serpents sauvages capturés ou ceux nourris avec un régime alimentaire pêche, reptile- ou amphibie basée, les parasites internes sont généralement diagnostiquées par un vétérinaire qui examine les selles du serpent pour les œufs de parasites. Affligés serpents sont donnés médicaments, qui doivent généralement être administrés plusieurs fois pour l'éradication complète.