Comme avec un logiciel sur les ordinateurs de bureau, vous pouvez souvent trouver utile ou nécessaire de réinstaller le système d'exploitation sur votre serveur Web. Le panneau de contrôle cPanel peut être réinstallé avec une série de fonctions dans la ligne de commande. Cela nécessite Secure Shell (SSH) si la tentative de connexion au site à distance. SSH vous permet de gagner accès à la ligne de commande comme si vous étiez sur l'ordinateur en personne.