L'accès en ligne de commande est la méthode de l'accès aux fichiers de configuration d'Apache par défaut. Un administrateur assis à la connexion de l'ordinateur serveur dans un shell Unix en utilisant son nom d'utilisateur et mot de passe, puis utilise la ligne de commande des outils d'édition de texte tel que vi ou Emacs pour travailler avec des fichiers de configuration d'Apache. La méthode standard d'accéder à cette interface à partir d'un autre ordinateur est en émettant une commande SSH de la ligne de commande de cet ordinateur:
ssh www.domain.com
SSH utilise le port 22 par défaut, même si cela peut être modifié dans les paramètres de SSH pour obscurcir la disponibilité des services SSH. Une méthode plus ancienne de l'accès shell appelé Telnet peut aussi être disponible, et par défaut, se déroulera sur le port 21. Telnet a été obsolesced par SSH et ne devrait généralement pas être utilisé comme Telnet ne crypte pas les mots de passe d'ouverture de session ou des sessions de connexion, un fait qui peut permettre un pirate d'écouter avec la connexion en cours.