Comme une première méthode d'éradication, le site Web Lignes directrices antiparasitaires recommande la création des pièges à mouches des fruits appâtés et collantes. Vinaigre pur suivie par bicarbonate de soude et d'eau bouillante tue en toute sécurité les mouches des fruits dans les drains d'évier et de tri des ordures et l'eau de Javel ou un nettoyant de verre peut être efficace pour nettoyer les poubelles. Une façon non-toxiques pour tuer les mouches des fruits appels pour placer un entonnoir de papier dans un bocal contenant un morceau de banane mûre saupoudré avec de la levure. Un piège pot dure environ 10 jours. Pesticides commerciaux contenant des pyréthrines, PPB, pemethrin ou tétraméthrine sont étiquetés pour un usage domestique contre les mouches des fruits.
Lors de l'utilisation de poudre d'acide borique contre les mouches des fruits, le garder hors de la portée des enfants et ne pas l'appliquer près des aliments. En cas d'ingestion, poudre d'acide borique est un poison dangereux qui peut causer de la diarrhée, des vomissements bleu-vert, des éruptions cutanées rouge vif, des convulsions, fièvre et même le coma.