La plupart des inconvénients de la pilule sont le résultat d'erreurs de l'utilisateur. Si le programme ne sont pas suivies correctement, ou le calendrier est rompu, les effets de la pilule ne sont pas réalisés et une grossesse non désirée peuvent se produire. Souvent, quand un patient transitions d'une autre forme de contrôle des naissances, l'utilisateur peut déposer la méthode actuelle avant la semaine pour la période de transition de 10 jours est terminée, aboutit également à une grossesse non désirée. En outre, les effets secondaires de l'utilisation prolongée sont le gain de poids possible, les sautes d'humeur et l'irrégularité des saignements menstruels. La pilule ne protège pas les utilisateurs contre les maladies sexuellement transmissibles et indépendamment de ce type de méthode de contrôle des naissances utilisée, la seule véritable forme de contrôle des naissances qui se traduit par un taux de grossesse de zéro est l'abstinence.