La toux de chenil peut être causée par un certain nombre de virus et les infections. La cause la plus fréquente est une bactérie appelée Bordetella bronchiseptica. Typiquement, une infection virale telle que adénovirus canin, l'herpès canin, parainfluenza, ou la maladie de Carré réovirus canine les rend plus susceptibles de contracter la toux de chenil.
Chiens contractent la maladie quand ils inhalent le virus ou des bactéries dans leurs voies respiratoires. L'infection peut également se propager par contact avec un chien infecté ou par contact avec des objets contaminés par des germes d'un chien infecté.