Comme les autres modèles d'iPod, l'iPod Shuffle utilise l'application de votre ordinateur pour synchroniser la musique iTunes et des médias. Vous pouvez également utiliser iTunes pour appliquer différents paramètres à votre iPod Shuffle. ITunes rend possible pour vous de modifier les réglages de l'égaliseur de chaque piste dans votre bibliothèque musicale. Choisissez entre un certain nombre d'options égaliseur prédéfinies intégrées, y compris "Amplificateur de basses," pour améliorer votre expérience d'écoute. Une fois que vous activez l'accentuation des graves présélectionner pour la musique dans votre bibliothèque iTunes, synchroniser l'iPod Shuffle comme vous le feriez normalement pour appliquer les modifications à l'appareil.