Bien sûr, un scanner ne peut identifier les logiciels malveillants, il a été programmé pour reconnaître. Ainsi, le logiciel de numérisation commerciale doit être constamment mis à jour avec de nouveaux codes. Comme les scanners de virus améliorer, les pirates et les programmeurs de logiciels malveillants deviennent plus intelligents avec leurs attaques, en chiffrant généralement leurs programmes ou de la fixation à des fichiers qui ne sont pas régulièrement analysés. La numérisation de tous les fichiers sur un ordinateur peut prendre des heures, donc la plupart des scans de base vérifient seulement une relativement petite liste des programmes. Parfois, les fichiers non infectés sont marqués par les scanners de virus, car ils peuvent ressembler à un certain type de malware. Voilà pourquoi la plupart des scanners de virus donnent aux utilisateurs les options avant de prendre toute action visant à supprimer un virus. Si les instructions pour supprimer le fichier, le scanner va tenter de le supprimer. Certains virus plus sophistiqués, cependant, ne peuvent pas simplement être annulées par la suppression d'un fichier unique. Pour ceux-ci, un logiciel de suppression ciblée au virus spécifique est habituellement disponible pour nettoyer un virus une fois qu'il a été identifié.