Une classe de logiciels malveillants, connu comme un rootkit, est particulièrement insidieux. Si un rootkit se installe sur votre système, il se cache au plus profond de votre système d'exploitation et utilise son accès à la subversion d'autres programmes comme les scanners de virus. Il peut supprimer votre scanner ou paralyser afin d'éviter McAfee d'être en mesure de supprimer le virus. Si des dysfonctionnements de McAfee ou refuse de lancer un balayage, il pourrait être dû à une infection rootkit sur votre système. McAfee propose un programme pour supprimer les rootkits, mais si le malware interfère avec ce programme ainsi, vous devrez peut-être essayer une autre option.