Toilettes sèches ont besoin d'un niveau de soins plus élevé que les toilettes normales. Si elles ne sont pas correctement pris en charge, toilettes sèches présentent un risque important pour la santé. Le compost doit être ratissé assez régulièrement pour assurer une décomposition. Un agent de charge, tels que des feuilles sèches ou de copeaux de bois, doit également être ajoutée au conteneur de déchets solides sur une base assez régulière pour garder le compost aéré. Produits chimiques forts tels que l'eau de Javel ne peuvent pas être utilisés dans les toilettes sans eau, car elles entravent le processus de décomposition. Le récipient de compostage doit aussi être vidé régulièrement en fonction de l'horaire de l'unité particulière.
Lorsqu'il est correctement entretenu, la toilette sans eau ne doit pas produire une odeur ou attirer des insectes. La présence de l'une est indicatif d'un problème quelque part dans le système de compostage.