Le peroxyde d'hydrogène est un autre produit chimique qui est souvent ajouté à l'eau potable pour aider à purifier. Le peroxyde d'hydrogène est généralement combiné avec un acide formique activateur appelé et fonctionne bien sur les protozoaires nuisibles et pathogènes dans l'approvisionnement en eau. Cependant, il faut plus de temps pour purifier l'eau que le chlore, et peut devenir un phytotoxine (ou un poison végétal capable de tuer les humains à une dose suffisamment élevée) si pas utilisé correctement. Il modifie également les niveaux de l'eau, ce qui nécessite des produits chimiques supplémentaires pour ramener le pH retour à la normale du pH.