Cygwin est une distribution Linux portable qui fonctionne au sein de Windows. Cygwin lui-même est tout simplement une collection de logiciels open-source Linux optimisé pour fonctionner sur Windows. Le fichier d'installation de Cygwin, setup.exe, existe dans votre répertoire Cygwin et peut être exécuté à tout moment de réinstaller ou ajouter de nouveaux paquets sur votre système. Cygwin diffère des autres distributions Linux parce qu'il est pas un système d'exploitation autonome et ne vient pas avec un chargeur de démarrage. Au lieu de cela, le système d'exploitation peut fonctionner que dans le cadre de Windows et existe sous forme de fichiers et dossiers à l'intérieur de votre ordinateur Windows.