Presque chaque paramètre DOSBox utilise pour exécuter des applications DOS-ère peut être configuré par l'utilisateur. Configuration de DOSBox prend deux formes: keymapping et la configuration générale. Keymapping établit les touches qui vont contrôler commandes particulières tout en exécutant le logiciel DOS, et la configuration générale établit les paramètres de base DOSBox utiliser pour interpréter et exécuter le logiciel en premier lieu. Chaque type de configuration peut être remis à leurs paramètres par défaut en utilisant des outils qui viennent avec l'installation DOSBox standard.