Pour les quelques dernières années, iTunes a été directement reliée à la ligne iTunes Store. À la boutique, qui peut être consulté en cliquant sur un onglet au sein de iTunes, les utilisateurs peuvent acheter et télécharger des chansons ou des albums complets. Ces chansons peuvent être lus sur un nombre limité d'ordinateurs, mais peuvent être téléchargées à un nombre illimité d'iPod. Bien que pratique et avoir une sélection très détaillé, un point de controverse le magasin a recueilli est le fait que la plupart des chansons disponibles sont protégés contre la copie utilisant la fonction FairPlay DRM de Apple (gestion des droits numériques) de copier codec de protection. Cette limite non seulement la quantité d'ordinateurs que vous pouvez utiliser des chansons, mais désactive également à un utilisateur d'être en mesure de graver un CD d'une chanson qu'ils ont légalement achetés et téléchargés.
Comme iTunes a soutenu plus de types de médias et de formats de fichiers, a donc la boutique iTunes. Il permet actuellement aux utilisateurs d'acheter et de télécharger des films, des émissions de télévision, podcasts, applications, des vidéos musicales et des jeux vidéo iPod en plus il est déjà vaste sélection de musique.