Typiquement, le médecin traitera ongle d'orteil champignon, prescrire des médicaments par voie orale. Selon la clinique Mayo, les médicaments les plus couramment utilisés sont l'itraconazole, terbinafine et le fluconazole, tous qui favorisent la croissance d'une nouvelle, ongle sain. La nouvelle croissance remplace lentement la partie infectée de l'ongle. Le médicament est habituellement pris pour un maximum de 12 semaines, mais la nouvelle croissance de l'ongle peut prendre aussi longtemps que quatre mois pour remplacer complètement la partie infectée. Le médecin peut recommander l'utilisation d'un crème topique over-the-counter avec le médicament par voie orale. Ces crèmes sont rarement efficaces lorsqu'ils sont utilisés sur leur propre, mais ils peuvent aider à soutenir l'effet du médicament. Certains médecins prescrivent un vernis à ongles antifongique, mais selon la Clinique Mayo, la recherche montre qu'il est efficace dans 10 pour cent des cas.
Dans les cas les plus graves et douloureuses, le médecin peut choisir de supprimer l'ongle infecté. Cela permettra à une nouvelle, ongle sain pour remplacer celui infecté. Cependant, le clou peut prendre jusqu'à un an à se développer à fond.