Comme vous pouvez attendre d'un processus qui bricole avec les fichiers du système d'exploitation vitaux, l'enracinement peut aller très mal. Le processus de racine elle-même, le plus souvent loin de convivial, peut provoquer un dysfonctionnement de l'appareil. Avoir accès à des fichiers système peut également conduire à des problèmes sur la route. Un exemple: un utilisateur nouvellement enracinée supprime bloatware indésirables, puis constate que les mises à jour du système ne sera pas installé correctement, car les mises à jour attendent à trouver les applications manquantes.
Fournir un accès root pour des applications pose également un risque de sécurité. Avec un accès complet aux fichiers système, des applications peuvent se comporter d'une manière qui travaillent autour des mesures de sécurité normales d'Android. Même sans racines, pas de système est parfaitement sécurisé, mais si vous choisissez de la racine de votre périphérique, donner un examen supplémentaire pour chaque application que vous envisagez d'installer.
Finalement, de nombreux fabricants ne seront pas honorer les garanties sur les appareils enracinées, rendant le risque d'endommager un périphérique de l'enracinement encore plus préoccupante.