FileZilla est conçu pour inviter les utilisateurs à écraser tout fichier distant qui a le même nom que le fichier local qu'il essaie de télécharger vers le serveur distant. Quand il est dans l'impossibilité d'écraser certains fichiers, il envoie les fichiers locaux à un "Transferts échoués" file d'attente à partir de laquelle les utilisateurs peuvent tenter de transférer à nouveau les fichiers. Comprendre les facteurs qui empêchent FileZilla d'écraser des fichiers permet d'assurer que les transferts de répétition sont couronnées de succès.