La norme PCI Express est compatible arrière et en avant, ce qui signifie que toute carte qui prend en charge cette norme indépendamment de numéro de version fonctionnera avec toute carte mère qui supporte le standard. Selon PCI SIG, une organisation pour les normes PCI, une carte mère supportant la version 1.1 fonctionnera avec une version 3.0 et carte vice-versa. Cependant, les cartes mères peuvent avoir des défauts de fabrication liés à la gestion de l'alimentation qui causent croix-Version problèmes de compatibilité avec les cartes. Il est possible que la différence de consommation d'énergie à partir d'une carte sur une carte mère 2.1 2.1 pourrait fonctionner, alors qu'une carte 2.0 sur la même carte peut pas parce que l'alimentation de l'ordinateur n'a pas suffisamment de puissance. Cependant, un ordinateur qui a assez de puissance pour lancer une carte sur la norme 2.0 devrait avoir moins de problèmes de fonctionnement d'une carte à la norme 2.1 et vice-versa.