L'eau contaminée par des protozoaires est particulièrement problématique. Protozoaires base-fécale qui provoquent des maladies de l'appareil digestif, tels que Giardia et Cryptosporidium, sont résistants à la chloration, qui est une pratique courante dans le traitement de l'eau. Protozoaires survivre aussi sur la nourriture et les surfaces lavées avec de l'eau contaminée une fois ingérées, elles provoquent la maladie. Cette situation est problématique parce qu'ils continuent à survivre au moins une semaine après que les symptômes digestifs diminuent. Selon Cornell University Extension, cette rusticité implique dans de futures éclosions. Un autre plus insidieux d'origine hydrique protozoaires, Naegleria, se développe dans les lacs et les étangs d'eau douce chaude. Il pénètre dans l'organisme par les voies nasales et se déplace vers le cerveau et la moelle épinière. Une fois là, il détruit les tissus vivants et peut causer des symptômes de type encéphalite et même la mort. Bien que le chlore tue des aegleria, l'utiliser pour traiter des lacs d'eau douce et les étangs tue les poissons et les autres animaux sauvages.