Apple ne recommande pas l'utilisation d'outils ou de logiciels tiers pour défragmenter le disque dur dans un iPod Nano. Au lieu de cela, l'entreprise signale que vous utilisez le "Restaurer" fonction dans iTunes pour effacer le disque, puis copier vos médias revenir. Néanmoins, de nombreux utilisateurs iPod Nano ont rapporté que l'aide de l'utilitaire de défragmentation de Windows fonctionne bien pour le disque dur dans un Nano et ne nécessite pas les tâches fastidieuses de sauvegarde de votre Nano et la restauration de l'aide d'iTunes. Pour utiliser Windows pour défragmenter le disque dur Nano, cependant, vous devez activer le mode disque pour l'appareil dans iTunes. Pour ce faire, ouvrez d'abord iTunes et connectez l'iPod Nano. Après la Nano apparaît dans la liste des périphériques, sélectionnez-le et cliquez sur le "Résumé Tab." Faites défiler jusqu'à la "Options" section, et cliquez sur la case à côté "Activer le mode disque." Après avoir activé le mode disque, appuyez sur "Windows E" pour ouvrir l'Explorateur de fichiers, cliquez-droit sur la lettre de lecteur du disque dur iPod Nano et cliquez sur "Propriétés." Dans la fenêtre Propriétés, cliquez sur le "Outils" onglet puis cliquez sur "Optimiser." Windows défragmenter votre disque dur iPod Nano tout comme il serait tout lecteur local installé dans votre ordinateur.