Frais pour l'utilisation du logiciel mobile Square et Reader sont sensiblement plus élevés que les méthodes classiques de transactions par carte de crédit de traitement. Actuellement, les frais déduits par Square de paiement de chaque client est une plate 2,75 pour cent. Les titulaires de compte peuvent encore traiter les paiements sur les appareils enregistrés sans le lecteur de matériel réel en tapant simplement les informations de carte de crédit d'un client dans le logiciel. Toutefois, les frais pour les transactions saisies manuellement sont encore plus élevés à 3,15 pour cent, plus un supplément de $ 0,15.