Calcite, de fer, de la silice et le cuivre sont quelques-uns des minéraux les plus communs trouvés dans les fossiles pétrifiés, bien que de nombreux types de minéraux peuvent pétrifier fossiles. Certains autres types de minéraux trouvés dans les fossiles pétrifiés comprennent le gypse, la barytine, la fluorite, l'hématite, de la galène, de talc, de l'uranium et du soufre. Lorsque ces minéraux entrent en contact avec de l'oxygène, ils produisent des couleurs distinctes dans des fossiles pétrifiés. Fer tend à créer des tons de terre tels que les rouges et les bruns. Cuivre crée des couleurs vertes, et des minéraux comme l'hématite créer des couleurs rouges et roses. L'intensité de la couleur dépend de la quantité de la matière minérale dans l'organisme.