Le phosphore est le deuxième plus important nutriment pour la croissance des plantes. Lorsque le phosphore est déficiente, les plants de tomates sont faibles, un retard de croissance et ont coloration pourpre profonde sur les tiges et le dessous de leurs feuilles. La carence en phosphore peut affecter les tomates à tout moment. La plupart des sols Fine- et à texture moyenne dans les régions tempérées ont des quantités suffisantes de phosphore, mais les sols sableux ou les sols dans les régions tropicales est susceptible d'être déficient en phosphore. Tomates cultivées dans ces sols peuvent avoir des feuilles pourpres, et des engrais de phosphate devraient être fournies.