Bien que Minitab est généralement considéré comme facile à utiliser, et fonctionne grâce à une interface qui est intuitive pour quiconque est familier avec des paquets d'autres statistiques, il ne souffre de certains inconvénients dans ce domaine. Comme la vue de données SPSS, la fenêtre de feuille de calcul dans Minitab utilise une structure fixe qui est plus difficile à manipuler que dans un tableur comme Microsoft Excel. Aussi, Minitab a une mauvaise compatibilité avec les programmes d'autres statistiques, rendant les importations de fichiers plus difficile.