Les établissements peuvent choisir de traiter les déchets en interne ou envoyer le matériel à une entreprise de gestion des déchets. En interne le traitement est souvent le moyen le plus rentable de gérer les déchets. La plupart des Etats (par exemple, New York) exigent que les déchets médicaux doit être faite nonrecognizable avant qu'elle soit expédiée à un site d'enfouissement. Une façon de rendre les déchets nonrecognizable est de le traiter avec une unité d'incinération en interne. Unités d'incinération varient de petites unités de stockage conçus pour les cabinets de médecin pour de plus grandes unités dans les hôpitaux capables de traiter des tonnes de déchets médicaux. Les unités prennent environ 90 minutes pour soit broyer ou chauffer les déchets à ashes- ces cendres peuvent ensuite être envoyés à la décharge. Certaines unités d'élimination des déchets chauffer les déchets à un minimum de 210 degrés F- autres utilisent l'eau de Javel ou chimique. Stérilisateurs à vapeur qui exposent également les déchets à la pression sont parfois utilisés. Peu importe la méthode des établissements de soins de santé utilisent, de nombreux États exigent que les déchets médicaux être accompagnée d'un certificat indiquant la méthode utilisée.
Certaines installations médicales qui produisent de grandes quantités de déchets médicaux ou qui ne désirent pas posséder et exploiter une unité de traitement des déchets en interne à la place un contrat avec une société extérieure. Ces entreprises d'élimination des déchets ramassent les déchets médicaux, processus en cendres dans un incinérateur industriel ou traitent les articles avec le traitement thermique avant d'envoyer les déchets à la décharge.