Squirrel poissons se nourrissent de petites larves et les œufs, comme les crevettes et les larves de crabe. Ils se nourrissent également de petits poissons et de crustacés. Comme les poissons écureuils sont des animaux nocturnes, ils recherchent des proies le long de l'océan de sable des fonds et de l'herbe de la mer pendant la nuit, puis reposer et se cacher dans les crevasses sombres pendant la journée. Lorsqu'on prend soin d'un écureuil poissons de compagnie, les nourrir de petits poissons ou de crevettes en direct charnue.