Phytophthora Shuck et le noyau pourriture est une maladie fongique qui attaque de nombreux types d'arbres, en particulier l'arbre de noix de pécan. Quand il infecte un arbre de noix de pécan, il a tendance à attaquer le Shuck (le disque, carapace verte autour d'un écrou immature) et le noyau de l'écrou. Les écrous infectées ont tendance à virer au noir et spongieux. La maladie est causée par le champignon phytophtora cactorum. La maladie se propage généralement avec de la pluie dans le climat humide de la Southeastern États-Unis. Il est une maladie relativement nouvelle, découvert dans les années 1980.
Tavelure Pecan, considère la maladie plus virulente de l'arbre de noix de pécan, est un autre champignon qui provoque la noix de pécan à pourrir sur l'arbre. Causée par caryigenum cladosporium, cette infection de champignon attaque les Shuck, les brindilles et les feuilles de l'arbre. Scab est un problème commun pour les noix de pécan se développe sur tout le continent. Il a été découvert en 1888.