Selon le logiciel, un logiciel de messagerie utilisent les protocoles POP3 pour recevoir des messages, tandis que certaines utilisent le Message Action Protocole Internet, connu comme IMAP. Les programmes propriétaires ont généralement leurs propres protocoles de serveur définis. Lorsque vous configurez un système de logiciel sur votre ordinateur pour accéder à des programmes de messagerie en ligne, il faut que vous configurez les paramètres des serveurs du système en ligne pour recevoir votre courrier. Ce processus permet une connexion entre votre logiciel propriétaire et les serveurs de messagerie en ligne.