Les fondations privées ne peuvent pas avoir de subventions du programme aquaponique dévoués, mais ils offrent souvent des subventions à des programmes qui répondent à leurs critères de mission. Fondation Alliance Healthcare, par exemple, a donné 1 million $ à des solutions Farms, une petite opération aquaponique en Californie du Sud, en 2014, parce que la mission de la ferme pour aider à nourrir les pauvres aligne avec les objectifs de la fondation. D'autres fondations, comme Syngenta, offrent des subventions à des projets d'agriculture durable. Même les sociétés, telles que Patagonia, offrent des subventions pour les opérations agricoles durables.