Le microscope électronique à transmission est essentiellement composé de deux ou plusieurs lentilles de condenseur, un canon à électrons, un porte-échantillon et un écran de visualisation. Le processus par lequel ce microscope fonctionne est relativement simple. Le faisceau d'électrons prises par le canon à électrons est condensé plus d'une fois par les condensateurs, qui sont essentiellement des aimants utilisés pour focaliser le faisceau. Comme le faisceau tire à travers l'échantillon en cours de visualisation, seulement quelques électrons qui passent à travers l'échantillon (rappelez-vous les électrons sont incroyablement petits) sont enregistrées par l'écran du détecteur ci-dessous l'échantillon. Comme une note, ce spécimen est coupé très mince pour permettre aux électrons de passer à travers. L'image est enregistrée en deux dimensions et uniquement en échelle de gris. Chaque image est une coupe transversale d'un échantillon parce que le spécimen est si mince. Un microscope électronique à transmission est seulement capable de prendre des images en deux dimensions. Cependant, en compilant de nombreuses images, on peut créer une image presque en trois dimensions.