En général, l'industrie de l'élevage du biodiesel, qui utilise principalement le soja et le canola, est plus petite que l'industrie de l'élevage de l'éthanol. Pourtant, les États-Unis ont produit 1,1 milliard de gallons de biodiesel en 2011, comparativement à 0,5 milliards de gallons en 1999, de la charge des agriculteurs en matière de biocarburants. Cette augmentation spectaculaire a entraîné une demande accrue pour le soja et d'autres cultures de biodiesel capable. Rendements de biodiesel par acre sont significativement moins que les rendements d'éthanol par acre. À partir de 2012, un acre de soja et un acre de rendement du canola seulement 63 gallons et 77 gallons de biodiesel, respectivement. Aller de l'avant, le soja seront probablement la source préférée de biodiesel. Le biodiesel de soja est sensiblement moins cher que le biodiesel de canola.