Muscadines résistent généralement mieux que les autres maladies espèces de raisin. Bien qu'ils sont pratiquement à l'abri de la maladie, le phylloxéra de Pierce et les nématodes, qui posent de graves menaces à d'autres raisins, ils sont sensibles à d'autres maladies. Quand ils ne succombent à une maladie, un champignon est généralement le coupable. Dans leur habitat naturel du sud-est des États-Unis où l'humidité élevée favorise la croissance fongique, Muscadines sont sensibles à plusieurs maladies que dans les climats méditerranéens les plus sèches. Les maladies foliaires réduisent les rendements de raisin, mais les pourritures des fruits sont généralement plus envahissante et nuisible.