La maladie coeliaque, une maladie inflammatoire de l'intestin (MII) et le syndrome du côlon irritable (SCI) peut causer aux enfants d'avoir gain de poids insuffisant. Les personnes souffrant de la maladie coeliaque peuvent éprouver de la douleur à l'estomac, la diarrhée et la mauvaise prise de poids due à une intolérance au gluten, qui est souvent présent dans les aliments tels que le pain, selon KidsHealth. IBD vient sous deux formes: la maladie ulcéreuse et colite de Crohn. Les enfants qui ont soit sous forme de MII pourraient souffrir de diarrhée avec des saignements, en plus de la perte de poids, selon l'Hôpital pour enfants de Boston.