Lorsque le carburant est pompé à travers un séparateur d'eau, l'eau peut être séparé par siphonnage de deux manières différentes. Tout d'abord, l'eau peut être évacuée par un filtre. Cette méthode est utilisée lorsque le séparateur fait partie du filtre primaire, de sorte que le moteur peut se débarrasser de l'eau ainsi que tous les autres contaminants. Les filtres utilisés sont élaborés par des chercheurs pour être très efficace et généralement en forme soit de deux, 10 ou 30 microns catégories, en fonction de la largeur des particules qu'ils laissent passer. Détritus et liquides indésirables comme l'eau sont bloqués et évacuée, tandis que le carburant coule à travers et à long de la ligne du moteur.
Ce système est souvent utilisé en conjonction avec d'autres séparateurs d'eau, pour éliminer les autres contaminants, et filtrer les gouttelettes d'eau restante. En plus de filtres, aimants peuvent aussi être utilisés pour soutirer d'autres particules indésirables.
La seconde méthode élimine l'eau par un système de siphonnage semblable à celle d'un système d'évacuation d'air dans une pompe. Eau et de carburant sont pompés dans un filtre de turbine de type étanche à l'air qui utilise un dispositif de centrifugeuse pour faire tourner les liquides autour très rapidement. L'eau (et d'autres particules indésirables) est plus lourd que le carburant, et donc quand jetés contre les côtés de la turbine sera naturellement couler au fond, alors que le carburant va rester sur le dessus pour être collecté et pompé plus bas dans la conduite de carburant. L'eau va rester à la base du séparateur, où il devra drainé périodiquement.