Habituellement, si deux points identiques sur le papier de chromatographie où l'encre ou des pigments ont étalé sont à la même distance exacte, alors cela signifie que deux pigments étaient les mêmes dans la substance testée. Cependant, certaines exceptions limitées existent. Certains pigments et composés ne seront pas visibles sur leur propre dans des expériences de chromatographie, sauf si vous les mélangez avec du colorant alimentaire ou colorant. Par exemple, lorsque certains acides aminés se mélangent, ils ne seront pas visiblement séparées par Chromatographie en utilisant du papier. Cependant, vous pouvez mélanger du colorant alimentaire et de colorant dans, ce qui vous permettra d'utiliser un chromatographe pour voir les différents acides aminés une fois qu'ils se séparent.