Alors que certains l'odeur de corps peut être causée par une mauvaise hygiène, la mauvaise haleine et certains aliments piquants comme l'ail, dans d'autres cas, un trouble métabolique est à blâmer. Bien que l'hygiène adéquate est pratiquée, l'accumulation de toxicité dans le corps en raison d'un défaut métabolique provoque odeur excessive et parfois incontrôlable.
Bien qu'il existe des milliers de troubles métaboliques, il existe plusieurs spécifiquement lié à l'odeur corporelle. Une des plus courantes est triméthylaminurie, ou "la maladie de l'odeur de poisson" comme il est communément connu, la condition où le corps ne peut pas traiter le composé organique, la triméthylamine. Une odeur nettement poisson est présent dans l'haleine, l'urine et la sueur.
Le diabète est l'incapacité de l'organisme à métaboliser correctement le sucre et peut donner au corps une odeur fruitée. Le scorbut, ce qui signifie que le corps est déficient en vitamine C, peut produire une odeur pourrie ou en décomposition. Acidocétose diabétique, qui résulte lorsque la glycémie d'un diabétique est trop élevé et en réponse le corps fait "cétones" à décomposer les graisses. Similaire au diabète, une odeur trop fruité peut émaner du corps.