Bactéries utiles sont également partie intégrante de maintien de l'homéostasie dans le système digestif. Il est estimé que l'humain moyen a environ 500 espèces de bactéries utiles, aussi connu comme la microflore intestinale, dans son tube digestif, principalement concentrée dans le gros intestin. Ces bactéries aident à la digestion, aider à produire des vitamines, aident à formuler des excréments et se prémunir contre les bactéries nocives. Lorsque la population de bactéries dans un tube digestif est rompu ou décimée, l'hôte remarquer un changement dans le rythme et la qualité de la digestion. Espèces de la microflore ont un effet positif sur leur hôte qu'il ya beaucoup de produits disponibles, principalement des yaourts, qui contiennent du matériel qui soutient la croissance et la santé de la microflore intestinale.