Power Commander est livré en kit spécifiquement programmé pour une moto individu. Une puce pour une Harley Davidson, par exemple, est réglé différemment d'une pour une Yamaha. Cette sélection est effectuée lorsque l'appareil est d'abord acheté.
Tout comme les voitures ont des protocoles d'interface standard, motos modernes sont équipées de harnais de connexion standardisés, appelés "PCIII." Une unité Power Commander est installé en se branchant sur cette connexion électrique standard, généralement situé sous le siège de la moto.
Parce que chaque unité est pré-programmé, il commence à travailler dès qu'il est installé. Les cavaliers avancés, cependant, peuvent affiner les réglages de l'appareil pour des performances optimales. Cela peut être fait directement sur l'appareil, en appuyant sur des combinaisons de touches. Ceux-ci modifient les paramètres de synchronisation électriques, et peuvent être modifiés ou renvoyés à défaut chaque fois que nécessaire.