La fonction de complexes de pore nucléaire est de permettre aux molécules solubles dans l'eau de traverser la membrane nucléaire. Le transport comprend de l'ARN, des protéines, des glucides et d'autres grosses molécules. Une estimation, il y a 2000 NPC dans les membranes nucléaires des cellules de vertébrés, et qui peut effectuer un complexe 1,000 transports par complexe par seconde. Certaines molécules, telles que l'eau ou le glucose, se déplacent à travers les membranes cellulaires par osmose ou de diffusion, mais les plus grosses molécules de protéines signalent de l'APN pour élargir afin qu'ils puissent passer à travers.