Il ya un certain nombre de différents facteurs à l'œuvre dans l'électrophorèse, et chacun est important pour définir le type de molécules en cours d'examen. À quelle vitesse ils se déplacent, la force du courant électrique est, les qualités précises du gel, la forme des molécules, la taille des molécules, la température de la solution et d'autres facteurs racontent tous les scientifiques ce type de molécules qu'ils regardent .
Pour tenir les molécules dans leurs positions, ils sont colorés dans différentes stries à travers les gels, qui le fait ressembler à une série de bandes colorées. Ce processus est l'une des étapes les plus importantes dans l'analyse d'ADN, permettant aux scientifiques de tirer des protéines d'ADN et de les examiner de près afin de déterminer leurs caractéristiques spécifiques.