La phase de transition se déroule dans les mitochondries. Le pyruvate est combiné avec NAD + NADH, et pour former des molécules d'acétyl-coenzyme A. L'étape suivante est le cycle de Krebs, également connu en tant que le cycle de l'acide citrique. Dans le cycle de Krebs, les atomes d'hydrogène sont retirés des molécules d'acétyl-coenzyme A à utiliser pour créer des électrons ATP. Finalement, tout ce qui reste des molécules acétyle coenzyme A est du carbone, qui se combine avec l'oxygène à partir de dioxyde de carbone qui est émis comme un produit des déchets. Le cycle de Krebs crée quatre molécules d'ATP.